紫外线是一种肉眼看不见的光波，存在于光谱紫射线端的外侧，故称紫外线。紫外线系来自太阳辐射电磁波之一，通常依照波长把紫外线分为四类如下是物质运转的一种特殊方式，是一粒粒不衔接的粒子流。每一粒波长253.7nm的紫外线光子具有4.9eV的能量。
当紫外线映照到微生物时，便发作能量的传送和积聚，积聚结果形成微生物的灭活，从而到达消毒的目的。当细菌、病毒吸收超越3600~65000uW/c㎡剂量时，对细菌、病毒的去氧核醣核酸（DNA）及核醣核酸（RNA）具有强大毁坏力，能使细菌、病毒丧失生存力及繁衍力进而消灭细菌、病毒，到达消毒灭菌效果。
紫外线一方面可使核酸突变、障碍其复制、转录封锁及蛋白质的合成；另一方面，产生自在基可惹起光电离，从而招致细胞的死亡。紫外线杀菌器杀菌原理是应用紫外线灯管辐照强度，即紫外线杀菌灯所发出之辐照强度，与被照消毒物的间隔成反比。当辐照强度一定时，被照消毒物停留时间愈久，离杀菌灯管愈近，其杀菌效果愈好，反之愈差。
紫外线消毒器严禁频繁启动，特别是在短时间内，以确保紫外灯管寿命。紫外线消毒器定期清洗：依据水质状况，紫外线灯管和石英玻璃套管需求定期清洗，用酒精棉球或纱布擦试灯管，去除石英玻璃套管上污垢并擦净，以免影响紫外线的透过率，而影响杀菌效果。
